El Centre d'Alt Rendiment està organitzat bàsicament en set Unitats: Acadèmica, Administrativa, Ciències, Direcció, Esports, Salut i Tecnologia, que depenen, en funció de l'activitat a què es dediquen, directament de la direcció del CAR, de Gerència o de la Sotsdireccció tècnic-esportiva. Aquestes Unitats, alhora, estan dividides en departaments.